قبل أن يصبح البلدان المتجاوران أعداء، كان يجمعهما تقارب في وجهات النظر حول الصحراء الغربية ً. والدليل على ذلك موقف أحمد بن بلة وحسين آيت أحمد.
في عام 1960، أقدمت السلطات الاستعمارية الفرنسية في الجزائر على تهجير قسري لمغاربة كانوا يقيمون بتندوف، حيث تم نقلهم إلى داخل المملكة. وقد عبّر المغرب عن استنكاره لهذه الأفعال عبر القنوات الدبلوماسية.
لم تعد العلاقات بين الجزائر ومالي على ما يرام. ففي حلقة جديدة من التصعيد بين وزراء خارجية البلدين، صدر بيان شديد اللهجة من باماكو يتهم الجزائر بدعم مجموعات إرهابية.