محمد السادس تحدث عن الإسلام السياسي في أطروحته لنيل الدكتوراه و عن عبد السلام ياسين و بنكيران و راشد الغنوشي

موضوع البحث الذي اختاره ولي العهد آنذاك للدكتوراه التي قام بتحضيرها كان "التعاون بين السوق الأوروبية المشتركة و اتحاد المغرب العربي"، هذه الأطروحة تمت مناقشتها سنة 1993.

غير أن الملفت للنظر أنه ضمن أعضاء لجنة المناقشة كان حاضرا وزير الداخلية الراحل إدريس البصري ، إضافة إلى الرئيس التوغولي و أساتدة آخرون ، يذكر أن لجنة المناقشة تكونت من ثمانية أشخاص.

في هذه الأطروحة تحدث ولي العهد عن ظهور الإسلام السياسي متطرقا في معرض حديثه لعبد السلام ياسين و عبد الإله بنكيران و الشيخ راشد الغنوشي، ففي الفصل الثاني و ففي حديثه عن الأسباب الإستراتيجية و السياسية المؤدية إلى عدم تحقيق التكامل في المنطقة المغاربية، وضمنها الإتحاد العربي الإفريقي، قال أن هذه الأسباب تجلت فيما وصفه بالعراقيل السياسية، و الصراعات الإقليمية، و الصراع من أجل الزعامة الإقليمية، و ظهور الإسلام السياسي، وخص ولي العهد أربع صفحات لمناقشة فرضية علاقة ظهور الإسلام السياسي بعرقلة بناء اتحاد المغرب العربي، وتبني هذه الفكرة في الجزائر بعد بروز الإسلاميين في مطلع التسعينات. ولي العهد اعتبر أن الإسلاميين قبل عام 1989 لم يكونوا عقبة في طريق تحقيق التكامل بين البلدان المغاربية ، كما قال أن الحكومات المغاربية أبدت تخوفها من الإطاحة بها من طرف الإسلاميين.

ولي العهد آنذاك أوضح أن هذا التخوف هو الذي شجع قادة الدول المغاربية على بناء اتحاد المغرب العربي، على اعتبار أنهم طرحوا احتمال إقامة مشروع متكامل للإتحاد المغاربي كوسيلة للتخفيف من التوتر بالمنطقة، كما أن الإسلاميين حسب ولي العهد كانوا يريدون نجاح المغرب العربي.

في هذا الصدد أورد تصريحات و كتابات لعدة زعماء إسلاميين، منها بعض أقوال عبد السلام ياسين مرشد جماعة العدل و الإحسان المغربية،و عبد الإله بنكيران،رئيس الحكومة الحالي و الذي كان ناشطا في الجماعة الإسلامية آنذاك، كما ذكر بمواقف راشد الغنوشي زعيم حركة النهضة التونسية، كل هؤلاء حسب ولي العهد أبدو مواقف تصب في خانة دعم وحدة المغرب العربي.